Most megtudhatjuk, mi volt közös bennük, és miben különböztek, ugyanis a neandervölgyi ember teljes genetikai állományát megfejtette Svante Pääbo, a lipcsei Max Planck Evolúciós Antropológiai Intézet kutatója és csapata. A Nature című brit szaklap szerint a szekvenált DNS egy 38 000 éves, Horvátországban előkerült neandervölgyicsontból származik. Megfejtése nehézkes volt, mivel az általában hárommilliárd betűből - nukleotidból - álló DNS az évezredek során apró, csupán mintegy 50 építőelemből álló darabkákra töredezett szét.

A genetikai kód megfejtése számos kérdésre választ adhat: Azért halt ki a neandervölgyi, mert kevésbé volt furfangos elődeinknél? Vagy, mert kevesebb utódot tudott csak nemzeni? Vagy, mert méreténél fogva sokkal több kalóriára volt szüksége, így többet kellett vadásznia és gyűjtögetnie?
Az ínséges időkben valószínűleg ez volt mérvadó. Az antropológusok azonban egy gyakori pikáns kérdésre is hamarosan képesek lesznek válaszolni - hogy a két faj keveredett-e egymással? Néhány tudós úgy véli, hogy két keverék egyedet már azonosított az anatómiai tulajdonságok alapján. A többség azonban azt mondja, hogy nem volt szexuális intermezzo. Egyvalami azonban bizonyos: a két faj génjei csupán 0,5 százalékban térnek el egymástól.