1999. április 11-én az újabb küldöttgyűlés elfogadta a párt alapelveit rögzítő Szabadelvű hitvallás című dokumentumot és módosították a párt alapszabályát.

1999. július 6. - A párt eladta Mérleg utcai székházát, és szeptember közepén beköltözött új, Gizella utcai székházba.

1999. november 27. - A tisztújító közgyűlésen két évre ismét Magyar Bálintot választották elnökké.

2000. szeptember 22. - Magyar Bálint bejelentette, hogy nem jelölteti magát újra a párt elnökének, későbbi döntése értelmében az ügyvivői testület tagjának sem.

2000. december 2-3. - Az SZDSZ küldöttgyűlésén Demszky Gábor budapesti főpolgármestert választották pártelnökké, az Ügyvivői Testületben is Demszky támogatói kerültek többségbe. A küldöttek elfogadták A korszakváltás programja című dokumentumot is.

2000. december 5. - Tamás Gáspár Miklós filozófus, közíró, az SZDSZ alapító tagja kilépett a pártból.

2000. december 11. - Szent-Iványi Istvánt választották a párt frakcióvezetőjévé a lemondott Kuncze Gábor helyére.

2001. június 16-i hatállyal Demszky Gábor lemondott elnöki posztjáról. Július 1-jén a párt rendkívüli tisztújító közgyűlésén ismét Kuncze Gábort választották meg elnökké.

2002. április 7., 21. - A parlamenti választásokon a párt a szavazatok 5,57 százalékát kapta, s ezzel 20 képviselői helyhez jutott. Május 9-én a parlamenti képviselőcsoport Kuncze Gábor pártelnököt választotta frakcióvezetőnek.

2002. május 26. - Az MSZP és az SZDSZ vezetői aláírták a két párt közötti koalíciós megállapodást a közös kormányalakításra.

2002. május 27. - Megalakult a Medgyessy Péter vezette koalíciós kormány, amelyben három szabaddemokrata, valamint egy, a párt által delegált miniszter kapott helyet.

2002. augusztus 8. - Nyilvánosságra hozták, hogy a pártvezetéshez írott levelében bejelentette az SZDSZ-ből való kilépését Kis János, a párt volt elnöke és Hack Péter, az SZDSZ korábbi meghatározó személyisége.

2002. október 20. - Az önkormányzati választásokon Budapesten Demszky Gábor, az SZDSZ főpolgármester-jelöltje a szavazatok közel 46,70 százalékával győzött. Huszonöt településen SZDSZ-es támogatású polgármestert választottak.

2003. március 1-2. - A párt budapesti tisztújító küldöttgyűlése ismét Kuncze Gábort választotta elnökké.

2004. június 13. - Európai parlamenti választásokat tartottak Magyarországon, amelynek során megválasztották a 732-tagú EP 24 magyar képviselőjét. A SZDSZ a szavazatok 7,74 százalékát szerezte meg, amellyel két mandátumot szerzett. Demszky Gábor és Szent-Iványi István az EP Liberálisok és Demokraták Szövetsége Európáért (ALDE) nevű, 88 fős liberális parlamenti frakciójához csatlakozott. (Novemberben az európai parlamenti mandátumáról lemondott Demszky Gábor utóda Mohácsi Viktória lett.)

2004. augusztus 15. - Eörsi István író, az SZDSZ Országos Tanácsának tagja és a párt egyik alapítója kilépett a pártból.

2004. szeptember 30. - Budapesten Gyurcsány Ferenc, a szeptember 29-én megválasztott új miniszterelnök, Lendvai Ildikó MSZP-frakcióvezető és Kuncze Gábor pártelnök aláírta a kormánypártok koalíciós szerződését.

2005. március 19. - Szegeden az SZDSZ tisztújító közgyűlésén ismét Kuncze Gábort választották pártelnöknek. A közgyűlésen elfogadott alapszabály-módosítás nyomán a párt SZDSZ, a Magyar Liberális Párt néven folytatja működését.

2005. november 29. - Mécs Imre, az SZDSZ egyik alapítója bejelentette, hogy a 2006. évi parlamenti választásokon az MSZP listáján indul.

2006. január 22. - Budapesten a párt kampánynyitó küldöttgyűlésén elfogadták a párt Szabadság, verseny, szolidaritás című választási programját, bemutatták a liberálisok 176 egyéni képviselő-jelöltjét. Kóka János gazdasági miniszter bejelentette, hogy belép az SZDSZ-be.

2006. március 11. - Az SZDSZ országos tanácsa elfogadta a párt országos listáját. A listát Kuncze Gábor pártelnök vezette, ő lett a liberális párt miniszterelnök-jelöltje.

2006. április 9., 23. - Az országgyűlési választásokon a párt a szavazatok 6,50 százalékának megszerzésével a harmadik helyen végzett. A parlamentben 20 mandátumot szerzett.