A Központi Hírszerző Ügynökség elődjének számító OSS (Office of Strategic Services) feloszlatása előtt egy évvel maga az OSS vezetője, William Donovan (becenevén: vad Bill Donovan) tett javaslatot Roosevelt elnöknek egy közvetlenül elnöki ellenőrzés alá tartozó szervezet létrehozására. A "cég" fő feladatát a külföldi kormányokról, vállalatokról, állampolgárokról szóló információk beszerzésében, feldolgozásában, majd különböző hadműveletek végrehajtásában jelölték ki.
1949-ben külön törvényt fogadtak el a CIA működéséről. A jogszabály igen széleskörű jogosítványokat biztosított az ügynökség számára, melynek vezetői voltak, mint Allen Dulles, vagy éppen a későbbi elnök idősebb George Bush. A titkos költségvetés, a titkos ügynöklista, és a törvényhozási ellenőrzés kikerülése révén valósulhatott meg az a célkitűzés, amiért a szervezetet valójában létrehozták: a szovjet befolyás és a KGB hatékonyságának ellensúlyozása.
A Truman-doktrína jegyében a CIA neki is látott a kommunizmus visszaszorításának, 1952-ben Iránban az Ajax hadművelet keretében megdöntötték Mohamed Moszadek miniszterelnök hatalmát, s hatalomra segítették Pahlavi sahot. Az Ajax hadművelet sikeres nyitánya lett a későbbi akcióknak, a politikai sikereket gazdasági eredményekkel tetézték, Irán esetében ez az olajüzletből származó haszon amerikai kézbe kerülését jelentette.
Irán után Guatemala és a PBSUCCES hadművelet következett, Guzmán elnök megbuktatása után az amerikaiak által támogatott Carlos Castillo Armas került az elnöki székbe. A sikerek után a 1961-ben érte az első komoly kudarc az ügynökséget, a Fidel Castro hatalmának megdöntésére tett kísérlet már a Disznó-öbölbéli partraszállás során meghiúsult. Castro azóta a CIA örök mumusa lett, többször is megkísérelték eltenni láb alól, legendák szerint még a maffia segítségét is igénybe vették. A Disznó-öböl látványos kudarca arra sarkallta a cég vezetését, hogy még inkább eltűntessék az ügynökséget a nyilvánosság kíváncsi tekintete elől.
A hírszerző ügynökség tekintélye a hetvenes években alapjaiban ingott meg, mikor kiderült, hogy a Nixon elnök bukását okozó Watergate botrány résztvevői egykori CIA ügynökök voltak. A helyzetet csak tovább rontotta, hogy a törvényi tiltások ellenére az ügynökség Amerikában is tevékenykedett, s háborúellenes aktivistákat figyeltek meg. Az utolsó csepp a pohárban Seymour Hersh New York Times címlapján közölt cikke volt, ami a "Családi ékszerek" címet viselő, az ügynökség illegális tevékenységeiről képet adó titkos jelentéséből merített.
A jelentős presztízsveszteséget, a szenátusi és a képviselőházi bizottsági vizsgálatokat túlélve az ügynökség folytatta működését, Indokínától át az arab világon keresztül Afrikáig mindenütt folytak hadműveletek. A CIA Chilében részt vett a baloldali Allende-kormány megbuktatásában, Augusto Pinochet hatalomra segítésében. Évekkel később Afganisztánban katonai kiképzésben részesített olyan mudzsahedineket, akik közül többen - élükön Oszama bin Ladennel - ma az Egyesült Államok legnagyobb ellenségei. A hetvenes években Európában is folytak akciók, a francia és az olasz kommunisták befolyását sikerült visszaszorítani, bár ennek egyes összeesküvés-elméletek szerint igen komoly ára volt: állítólag több, a radikális baloldali szervezetek számlájára írt akciót valójában a CIA által támogatott csoportok követtek el, abban a reményben, hogy a közvélemény szemében ezzel jelentősen romlani fog a baloldal megítélése.
A több bestseller-írót megihlető ügynökség a közelmúltban ismét botrányoktól volt hangos, a 2001. szeptember 11-i merényletek előtti feltételezett mulasztások miatt, valamint a titkos CIA-börtönök révén került újra a reflektorfénybe.
