A Fővárosi Bíróság ugyanakkor azzal indokolta a kereset elutasítását, hogy az ország egész egészségügyi rendszerének átfogó, központi irányítás, terv szerinti reformja állami feladat, amit nem lehet az önkormányzatokra bízni.
A bíróság szerint a miniszter azért sem vont el hatáskört, mert bár elsődlegesen a Regionális Egészségügyi Tanácsoknak (RET) kellett volna dönteniük, ám ők nem éltek ezzel a jogukkal, a miniszter pedig csak ezt követően hozta meg határozatait.
A határidők túllépésére vonatkozó felperesi érvelés kapcsán a bíróság annyit mondott: ha történt is ilyen a miniszter részéről, az ügy érdemét nem befolyásolta, ezért erre hivatkozva nem lehet megsemmisíteni a kifogásolt döntést.
A közigazgatási per előzménye, hogy tavasszal még Molnár Lajos egészségügyi miniszter több száz határozatot hozott arról, miként változnak a kórházak és más egészségügyi intézmények feladatai és az azzal összefüggő állami finanszírozás.
A 2006. évi egészségügyi ellátórendszer fejlesztéséről szóló törvény a RET-eket hatalmazta fel a finanszírozás átalakítására, ám azok ezt nem végezték el, így került a döntés joga a szakminiszterhez.
Az egyes miniszteri határozatok rögzítik, hogy az adott egészségügyi intézmények fekvő, illetve járóbeteg-ellátásnak mely feladatai, milyen ágyszám és óraszám mellett kapnak állami finanszírozást.
A kórházi struktúraátalakítás, ágyszámcsökkentés kapcsán az orvosi kamara által benyújtott keresetet kedden ugyancsak jogerősen elutasította a Fővárosi Bíróság.
Ezen kívül várhatóan még több tucatnyi, önkormányzatok által, az egyes miniszteri határozatok elleni, különféle érvelését tartalmazó keresetet tárgyal a közeljövőben a Fővárosi Bíróság.