Spinoza a protestáns tanokkal megismerkedve elszakadt a vallástól, a helyzet idővel annyira elmérgesedett, hogy az úgynevezett héremet, avagy a "nagy átkot" is kimondták rá, azaz mindenfajta érintkezést megtiltottak közte és a zsidó közösség tagjai között.

Az ortodox tanokkal szembeszállva azt hangoztatta, hogy a Bibliában semmi sem bizonyítja isten testetlen mivoltát, a lélek halhatatlanságát vagy éppen az angyalok létezését. Állításai azonban a keresztény tanítást is sértették, így a túlságosan is szabadon gondolkodó fiatalembert kitiltották Amszterdamból. A mindennapi betevő megszerzése érdekében lencse- és gyémántcsiszolást tanult, élete végéig így kereste kenyerét.

1661-ben írta meg első értekezését Rövid tanulmány Istenről, az emberről és az ő boldogságáról címen, majd ezt átfogalmazva született a Tanulmány az értelem megjavításáról. Egyetlen, életében saját neve által megjelent tanulmányában geometriai, matematikai lépések szigorú egymásutánjában próbálta bizonyítani René Descartes filozófia alapelveit. Ugyanakkor több kérdésben sem osztotta Descartes véleményét, nem értett egyet isten transzcendens mivoltával, hogy a testben és a szellemben semmi közös nincs, s azzal sem, hogy istennek és az embernek is szabad akarata van.

Etikája öt fejezetre tagolódik: az első az Istenről, a második A szellem eredetéről és természetéről, a harmadik A szenvedélyekről, a negyedik Az emberi szabadságról, az ötödik pedig Az emberi szabadság és az ész hatalmáról címet viseli. Az Etika szerint az istenről alkotott idea a legfontosabb, mert ha ez hamis, az emberről alkotott kép sem lehet helyes. Spinoza szerint isten "az, aminek fogalma nem szorul másik dolog fogalmára, hogy abból alkossuk meg". Isten az abszolút végtelen létező, minden a természetben létező istenben létezik. Ezzel szemben az ember "véges" létező, testből és lélekből áll, amelyek ugyanannak a dolognak eltérő módon való megjelenései.

Teológiai-politikai tanulmánya (a XX. században Wittgenstein Spinoza nyomán adta ugyanezt a címet egyik művének) az állam létrejöttével és a lehetséges legjobb államformával foglalkozik. Ez a demokrácia - mert miután biztonságuk garantálásának érdekében az emberek lemondanak természeti jogaik egy részéről, a demokráciában valósulhat meg leginkább az az állapot, ami a legközelebb áll a természeti állapothoz. Politikai tanulmány című művében viszont arra a következtetésre jut, hogy az emberek szenvedélyeik rabjává válnak és nem az ész útmutatásai szerint élnek. Így nem a demokrácia a helyes államforma, hanem a hatalom decentralizálása, olyan mértékű elosztása, amely a leginkább szolgálja a békét és az egyensúlyt.
Spinoza korszakalkotó filozófiai-politikai tételeivel a gondolkodástörténet egyik legjelentősebb alakjává vált, akit még a XX. században sem kerülhettek meg. Befolyásolta Kantot, Hegelt, Schopenhauert, a marxista filozófusokat, Wittgensteint, de még Albert Einsteint is.