Swift egy távoli rokona angliai birtokán keresett menedéket, ahol afféle személyi titkárként tevékenykedett. Műveltségének jó részét az itteni igen gazdag könyvtárban szerezte. A magiszteri fokozatot végül Oxfordban nyerte el, 1695-ben pedig pappá szentelték.

1699-ben, rokona halála után az írországi főbíróság új elnöke, Berkeley grófjának személyében talált új mecénást. Mellette is titkárként dolgozott, s több kisebb egyházi hivatalt is vállalt Dublinban, ahol megtapasztalta az ír nép nyomorúságát. Idővel a londoni irodalmi szalonok közkedvelt alakja lett. Ekkor még a whig nézeteket valló írók köréhez tartozott, ám hamarosan eltávolodott tőlük, és a tory kormány támogatója lett. Szolgálataiért 1713-ban kinevezték a dublini Szent Patrik székesegyház főesperesévé. 1714-ben, I. György trónra lépésekor visszavonulásra kényszerült, ismét Dublinban telepedett le. Alkotókedve az 1720-as évek elejétől éledt újra, pamfletjeiben Írország gazdasági és társadalmi problémáit taglalta szatirikus-ironikus stílusban. Legismertebb és legmorbidabb a Szerény javaslat című, amelyben kifejtette: a túlnépesedés és nyomor leküzdésének útja, ha a nagycsaládok zsenge húsú csecsemőit felvásárolják, meghizlalják, majd csemegének eladják a gazdagok asztalára.

Mindmáig legismertebb műve, az 1726-ban napvilágot látott Gulliver utazásai a kor kedvenc formája, a hajós kalandregény paródiája. A hajóorvos Gulliver négy hajótörése során fura tájakra jut el: a törpékhez Liliputba, óriásokhoz, tudósokhoz, végül a nyihahákhoz és a jehukhoz. Az itt átélt kalandokból, a hozzájuk fűzött gulliveri magyarázatokból az olvasó előtt lassan kibontakozik a korabeli Anglia képe, s egyúttal tágabb értelemben Swiftnek az emberiségről alkotott nem túl hízelgő véleménye. Ez a felnőttekhez és felnőttekről szóló fanyar-kesernyés szatíra mégis gyerekmeseként vált híressé és sikeressé, az első két részt filmben, rajzfilmben is többször feldolgozták.

Swift élete utolsó éveit teljes visszavonultságban töltötte, egyes források szerint megháborodott, mások szerint viszont a fiatalkorától meglévő, a középfül egyensúly-érzékelő szervét megtámadó Méniere-kór súlyosbodott el rajta. 1739-ben még nagy ünnepséget tartottak tiszteletére Dublinban, ám nem sokkal ezután szélütés érte, részlegesen megbénult, s emlékezete is kihagyott. 1745. október 19-én hunyt el Dublinban, s a Szent Patrik székesegyházban temették el.
Sírján a maga szövegezte latin nyelvű felirat áll: "Itt nyugszik Jonathan Swift, ahol a vad felháborodás nem marcangolhatja többé a szívét."