Számos olyan területet is lefényképezett, amelyet eddig még soha nem láthattunk, mivel a 30 évvel ezelőtti Mariner-10 űrszonda sem járt arra. A két héttel ezelőtti mérések elemzése folyamatosan zajlik, s máris be tudunk számolni néhány érdekes újdonságról.

Korábban azt gondolták a tudósok, hogy a Merkúr felszíne szinte ugyanolyan, mint a Föld körül keringő Holdé, azonban a MESSENGER számos különbségre rávilágított. Például a Merkúr felszínén hatalmas, több száz km-en át kígyózó sziklafal-rendszerek húzódnak, melyekhez még csak hasonlót sem ismerünk a Holdon. Emellett a szonda számos olyan becsapódási krátert is lefényképezett, melyen nagyon különböznek holdi társaiktól. Az egyik legkülönlegesebb példányt Pók-kráternek nevezték el a központjából kiinduló furcsa sávrendszer alapján.

Erre az alakzatra a MESSENGER legutóbbi képein figyeltek fel és egyáltalán nem hasonlít a Holdon ismert kráterekhez. A becsapódásos eredetű Caloris-medence közepén elhelyezkedő Pók bonyolult szerkezetű központi tartományából több mint száz keskeny és mély mederszerű árok indul ki; a közepén látszó 40 km-es kráterről nehéz eldönteni, hogy része-e az eredetileg keletkezett Póknak, vagy csak később csapódott be véletlenül éppen oda a krátert kivájó égitest. A MESSENGER mérései egyébként azt is megmutatták, hogy a Caloris-medence teljes átmérője akár az 1500 km-t is meghaladhatja, ami mintegy 300 km-rel nagyobb a Mariner-10 felvételein alapuló becslésnél.

A Merkúr-közelítés alatt a szonda méréseket végzett a bolygó mágneses teréről is, ami a Mariner-10 harminc évvel ezelőtti adataihoz képest nagyon eltérőnek mutatkozott. A mágneses tér ugyan általában véve nyugodt volt az elrepülés alatt (mágneses vihar nélkül), azonban számos jel utalt jelentős belső feszültségre. A következő évek bolygóközelítései 2008-ban és 2009-ben, valamint a 2011-es pályára állás valószínűleg fényt derít majd a Merkúr mágneses terének stabilitására és dinamikájára. Egy rövid animáció a plazma-spektrométer adatai alapján mutatja be a Merkúr magnetoszférájában található ritka plazma eloszlását.

A Merkúrnak nincs hagyományos értelemben vett légköre, mivel a Nap forró sugárzása "elfújna" minden gáz halmazállapotú anyagot. A felszínből kiszabaduló atomok rendkívül ritka, ún. exoszférát alkotnak, amelyben nátrium, kalcium és hidrogén található. A MESSENGER fedélzetén lévű érzékeny műszerek detektálták az innen származó gyenge ultraibolya sugárzást. Emellett a szonda áthaladt a Merkúr nátriumban gazdag "csóváján", ami mintegy 40 ezer km-re nyúlik ki, illetve felfedezte az égitest hasonló méretű hidrogéncsóváját is.
Újabb eredmények a felvételek feldolgozásával párhuzamosan folyamatosan várhatók.