2006. május 28. - A párt küldöttgyűlése ellenszavazat nélkül jóváhagyta a kormányprogramot, és felhatalmazást adott a pártvezetésnek a koalíciókötésre az MSZP-vel. 29-én Gyurcsány Ferenc ügyvezető és kijelölt miniszterelnök, Hiller István, az MSZP és Kuncze Gábor, az SZDSZ elnöke aláírták a koalíciós megállapodást.

2006. június 9. - Gyurcsány Ferenc vezetésével megalakult a 12 tagú MSZP-SZDSZ koalíciós kormány. A kormányban a szabaddemokraták adták az egészségügyi, a gazdasági és a környezetvédelmi minisztert.

2006. június 23. - Balatonőszödön aláírták az MSZP-vel a fővárosi koalíciós együttműködési megállapodást, amely rögzítette azt is, hogy Demszky Gábor a közös főpolgármester-jelölt.

2006. október 1. - Az önkormányzati választásokon - immár ötödször - Demszky Gábor (46,86 százalékkal) nyerte el a főpolgármesteri posztot.

2006. október 2. - Kuncze Gábor pártelnök bejelentette, hogy nem indul újra az elnöki posztért.

2007. március 30-31. - AZ SZDSZ budapesti országos küldöttgyűlése két évre Kóka János gazdasági minisztert választotta a párt elnökévé. Kóka megismételt szavazás után győzött, az első voksolás közte és Fodor Gábor között szavazategyenlőséggel zárult. A küldöttgyűlés megválasztotta a 12 ügyvivőt és a 20 tagú országos tanácsot is.

2007. április 2. - Kuncze Gábor, az SZDSZ volt elnöke lemondott a párt parlamenti frakciójának vezetéséről. Április 13-án az SZDSZ parlamenti képviselőcsoportja Eörsi Mátyást választotta frakcióvezetővé és Gusztos Pétert frakcióvezető-helyettessé.

2007. május 31. - Az SZDSZ Ügyvivő Testülete elfogadta a párt stratégiai céljainak megfelelő, új szervezeti működési modelljét.

2007. június 9. - Az SZDSZ Országos Tanácsa Gulyás József ügyvivőt, Pest megyei elnököt választotta a testület elnökévé.

2007. szeptember 22. - Bauer Tamás, az SZDSZ alapító tagja, korábban a párt ügyvivője és parlamenti képviselője bejelentette, hogy kilép az SZDSZ-ből.

2007. november 20. - Az SZDSZ ügyvivő testülete Kákosy Csabát, a gazdasági és közlekedési minisztérium kabinetfőnökét jelölte Kóka János 2007 végén távozó gazdasági miniszter helyére, a kormányfő a jelölést elfogadta.

2007. december 3. - Az SZDSZ parlamenti képviselőcsoportja Kóka János pártelnököt választotta frakcióvezetőjének Eörsi Mátyás lemondása után.

2008. február 12. - Az SZDSZ Országos Ügyvivő Testülete gyors és teljes körű vizsgálat elindításáról döntött, amelynek célja, hogy tisztázza a 2007 márciusi országos küldöttgyűlés tisztújítása és pártelnökválasztása kapcsán felmerült esetleges szabálytalanságot.

2008. március 31. - Gyurcsány Ferenc miniszterelnök április 30-ával felmentette Horváth Ágnes egészségügyi minisztert. A Szabad Demokraták Szövetségének ügyvivő testülete úgy ítélte meg, hogy a kormányfő egyoldalúan, egyeztetés nélkül hozta meg döntését, ezért egyhangúlag úgy határozott, hogy az SZDSZ a továbbiakban nem kíván koalíciós szerepet vállalni a kormányban.

2008. április 5. - Az SZDSZ Országos Tanácsa határozatot hozott arról, hogy április 27-ére összehívja a rendkívüli küldöttgyűlést, amelyen azt javasolja, hogy - az SZDSZ vezető testületeinek döntésével összhangban - döntsön a küldöttgyűlés a koalícióból való kilépésről, az SZDSZ alapszabályának módosításáról és a második rendkívüli tisztújító küldöttgyűlés összehívásáról.