Maléter Pállal kapcsolatban az a vád fogalmazódott meg, hogy együttműködött a felkelőkkel, s a Kilián-laktanyát ezért nem hagyta el. A honvédelmi miniszter erre úgy reagált: a laktanya körül heves harcok folytak, ezért csak október 30-a után merte elhagyni a helyszínt, miután az őrsége már egyedül is tudta tartani. Azt is hozzátette, hogy egészen október 30-ig ő a szénbányászati minisztérium kötelékébe tartozott, ennek ellenére sok felkelő őt kereste meg a hatalommal való tárgyalásai során.

Maléter Pál a per során kifejtette: "a Magyar Néphadsereg 1956 júliusától semminemű politikai irányítást nem kapott, pedig ezt 1945-től megszoktuk." Az 1956-os forradalmat közvetlenül megelőző időszakot úgy jellemezte: érezték, hogy "a bomba rövid időn belül robbanni fog", amire felhívta felettese, Janza Károly altábornagy figyelmét, aki viszont nem vette komolyan őt. Nagy Imre egyébként éppen azzal indokolta Maléter Pál kinevezését a honvédelmi tárca élére november 3-án, mert Janzával a szakértők nem voltak elégedettek.

A bíró azt is felrótta Maléternek, hogy nemzeti hősöknek nevezték a felkelőket, amit viszont Nagy Imre cáfolni igyekezett, ám Vida Ferenc, a népbírósági tanács elnöke azonnal belefojtotta a szót.

Kopácsi Sándor, aki a tárgyalások során többször ellenforradalmároknak nevezett egyes felkelő csoportokat, komoly vitába került Nagy Imrével a szembesítéskor, ahol azt akarta bebizonyítani a bíróság, hogy ők együtt szervezkedtek a szocialista hatalom ellen. Nagy Imre viszont logikus érvekkel támadta - többek között a semlegességi kiáltvány teendői miatti elfoglaltságával -, hogy ők ketten november 1-jén találkoztak volna.

Nagy Imre tanúvallomásában kijelentette: úgy érzi, Kopácsi Sándor bűneit is rá akarják testálni, holott ő felszólítást adott Kopácsinak arra, hogy "a banditizmust számolja fel". A bíróság ezzel szemben még azt is felrótta neki, hogy a kormányfő a belügyminiszter, Münnich Ferenc megkerülésével adott utasításokat a fővárosi rendőrség vezetőjének. Nagy Imre erre válaszában kitért arra, hogy soha nem volt semmi problémája Münnich Ferenccel, de miután november 2-ától nem töltötte be ezt a tisztséget, utódlása pedig függőben volt, igyekezett a rendőrség vezetőjével is közvetlen kapcsolatban lenni.

A vád emellett mind Nagy Imre, mind Kopácsi Sándor bűneként állította be, hogy az október 28-ai párt- és kormányhatározat értelmében felkelőket integráltak a karhatalomba, amit Nagy Imre azzal magyarázott, hogy erre az időpontra mindkét vezető szervnek megváltozott a véleménye az utcán zajló eseményekről.

Maléter Pál 1917-ben született, 1940-től a Ludovika Akadémiára járt, 1944-ben Erdélyben partizánként harcolt. A forradalom kitörésekor ezredesi rangban a bányász és építőmunkás egységek parancsnoka volt. A szabadságharc idején a Corvin-közi felkelőkkel tűzszünetet kötött, október 31-én pedig a nemzetőrség megalakításáról szóló tárgyalásokon vett részt a Parlamentben. Nagy Imre november 3-án nevezte ki honvédelmi miniszternek, ám még aznap este Tökölön, a szovjet csapatok főhadiszállásán fogságba ejtették. A Nagy Imre-perben halálra ítélték és kivégezték, politikai és jogi rehabilitációjára 1989-ben került sor.

Kopácsi Sándor 1921-ben született, 1944-ben belépett a Kommunisták Magyarországi Pártjába, majd 1952-től Budapest rendőrfőkapitánya lett. Az újonnan alakult Magyar Szocialista Munkáspárt ideiglenes intézőbizottságába 1956. október 31-én került, majd november 3-án a nemzetőrség helyettes parancsnokává választották. A Nagy Imre-perben életfogytiglani börtönbüntetést kapott, amelyből 1963-ban amnesztiával szabadult. Nagy Imre és társai újratemetésén beszédet mondott 1989. június 16-án.