A gondok ezt követően kezdődtek, mert kiderült: a TEGA (Thermal and Evolved Gas Analyzer) nevű berendezés szűrőszitáján nem fér át a mintadarab, vagyis olyan ez, mint amikor az ember torkán megakad a falat.

Ezt követőn az amerikai űrkutatási hivatal szakemberei bevetették az úgynevezett rázogató műveletet. Egy beépített mechanikai eszköz ugyanis képes megrezegtetni az olvasztókemence fölött lévő rácsot.

Az első kísérletek azonban eredménytelenek maradtak. Végül a hetedik és már az utolsó elkeseredett nekifutásra sikerült megindítani az anyagbeáramlást a kemence tartályába, és így már lehetséges, hogy a fagyott talajt megolvasztva vizet nyerjen a szonda a további elemzésekre. A Phoenix működési elve ugyanis az, hogy a marsi talaj alatt meghúzódó jégből "kifacsart" vizet veszi alapos vizsgálat alá, és az összetevői alapján adhat választ arra a kérdésre, hogy a Marson volt-e valaha az élet kialakulására alkalmas víz.

A szakértők egyelőre nem találtak magyarázatot arra, hogy a göröngy végül is miért adta meg magát, de feltételezik: a felszínen való többnapos tartózkodás alatt némileg porhanyóssá vált, kissé összezsugorodott, és így már átfért a szita rácsán.

A tudományos program azonban néhánynapos késésbe került, és ez a Phoenix esetében nem elhanyagolható tényező. Ugyanis várhatóan már csak szűk három hónapja van arra, hogy ideális körülmények között végezze munkáját a Mars északi sarkvidékén, ahol még ennyi ideig tart a nyár. Ezt követően a sarki tél beálltával rendkívül hidegre fordul az időjárás, ráadásul ezt a marsi vidéket jóval kevesebb napfény éri majd, mint most, és emiatt nagy valószínűséggel a Phoenix napelemtáblái nem tudnak majd a berendezések működtetéséhez elegendő energiát biztosítani.