A másodikat három napra rá, augusztus kilencedikén engedték útjára. Itt négy gép indult útjára, de a végén ismét csak három érte el a ledobás körzetét - fedélzetükön a „Fat Man”-nek, vagyis „Dagadt Férfi”-nak elnevezett atombombával. Az eredeti célpont Kokura lett volna, de a város felett túlsó felhő gyűlt össze, így végül átrepültek a másodlagos célpont, Nagaszaki fölé. Nagaszaki kulcsfontosságú kikötőváros volt, rengeteg hadianyagot öntő gyárral „felfegyverkezve”. Mivel itt is túl sok volt a felhő, végül a radar alapján mérték be a célpontot.

Bár a japán radarrendszer észrevette a város felett cirkáló gépeket, és a vészjelzés helyi idő szerint 7:50-kor fel is harsant, 40 perccel később visszavonták, és ismét kémgépnek titulálták a halált gyomrában hordozó triót. 11:01-kor a föld felett 469 méterrel felrobbant a 6,4 kiló plutónium-izotópot (plutónium-239) tartalmazó, háborúban először és utoljára ledobott plutónium bomba. A robbanás három kilométerrel eltévesztette célját, így csökkentette erejét a környező hegység is - az áldozatok számát pedig az a tény mérsékelte tovább, hogy egy augusztus elsejei bombázás miatt a „felesleges” civilek nagy részét kitelepítették a városból.

A detonáció így is több mint 40.000 (egyes becslések szerint 75.000) ember halálát okozta azonnal, a következményekkel együtt pedig a halottak száma elérte a minimum 80.000-et. A 21.000 tonnányi dinamittal felérő robbanás 1,6 km-es körzetben okozott teljes pusztulást, és 4,4 km-en keresztül tűzvihart. A levegő 3.900 Celsius-fokra hevült fel, és 105 km/órás szél támadt - a gombafelhő 18 kilométer magasra nőtt.

Emlékek, hatások

A bombáknak óriási hatásuk volt mind a világra, mind Japánra. A szigetország például örökre lemondott a háború jogáról, hadsereget se tart fenn. Sőt mi több, a nacionalizmussal együtt a jobboldalt is elfelejtette: a demokratikus országban kizárólag baloldali, konzervatív és liberális pártok vannak.

Világszínvonalú tiltakozó-akció kezdődött, és komoly szervezetek alakultak a nukleáris veszély elhárítására. Különösen a bomba különleges velejárói voltak sokkoló hatással az emberekre: egyes túlélőkre örökre ráéget az épp viselet ruhájuk mintázata (a különböző színek különböző intenzitással szívják magukba az energiát), mások árnyékra pedig beleégett az aszfaltba.

Múzeumok, emlékművek, béke-ünnepek és dokumentumok sokasága emlékszik a szörnyűségre, a nagyhatalmak mégis máig őrzik atom-arzenáljukat. Bár használni addig egyik sem használná, míg a másik el nem kezdi, de vannak olyan államok, akikről joggal feltételezi a világ, hogy lennének elég őrültek egy atomtöltet elindításhoz. Ekképp érthető, hogy a világszervezetek miért annyira óvatosak Iránnal, vagy Észak-Koreával kapcsolatban.