A hajó márciusban egy nemzetközi segélyflottilla részeként az izraeli blokád alatt álló Gázai övezetbe indult, s 9 halálos áldozatot követelő incidens helyszíne lett. A segélyflottillát Izrael nem engedte kikötni az övezetben, és máshová akarta irányítani a hajókat, hogy a kirakodás után izraeli felügyelet alatt jusson el a szállítmány Gázába. Izraeli kommandósok meg is szállták a Mavi Marmarát, s hivatalos jeruzsálemi álláspont szerint önvédelemből nyitottak tüzet az agresszívan viselkedő palesztinbarát török békeaktivistákra.

A márciusi eset megrontotta a korábban szövetséges Törökország és Izrael egyébként is feszült viszonyát. Törökország visszahívta nagykövetét, s bár azóta közölte, hogy javítani akarja a viszonyt, a diplomata még nem tért vissza állomáshelyére, és Ankara nem állt el attól a követelésétől, hogy Izrael kérjen bocsánatot a Mavi Marmara megtámadásáért, és fizessen kárpótlást az áldozatok hozzátartozóinak.