Első homoszexuális élményéről a Rómeó és Júlia rendezője elmondta, hogy a partizánokkal vonulva a Firenze környéki erdős hegyekben egy jéghideg éjszakát egy barlangban töltött, ahol egy pokrócon kellett osztoznia egy Vieri nevű fiatal földművessel. A rendező szép emlékként őrzi a találkozást, mert - mint mondta - nagyon fiatalok voltak, meg ezernyi veszedelem övezte a történteket. "Kapaszkodtunk egymásba, miközben mindenfelé veszélyek leselkedtek ránk. Körülöttünk németek voltak, akik felakasztottak volna bennünket, ha felfedeznek minket" - mondta.

A maestro az interjúban beszél a találkozásról egy szerzetessel is, aki gyermekként szexuálisan molesztálta őt. Homoszexualitását a rendező az iskolaéveiben, 14-15 évesen fedezte fel, amikor beleszeretett egy osztálytársába. "Szerelmesek voltunk egymásba, mégha ezt nem is tudtuk vagy nem is akartuk bevallani magunknak" - mondta.

A rendező korábban már többször azt mondta magáról, hogy "homoszexuális, de nem meleg (gay)". "A gay az egy bohóc (clown), egy komikus figura, aki úgy tesz, mintha nő lenne". A homoszexualitás azonban "nem tréfadolog" a világhírű toszkán rendező számára. "Ez azt jelenti, hogy az ember meghozott egy kiérlelt, nehéz döntést, amelyet nagyobb erkölcsiséggel kell alátámasztani, mint amekkorát heteroszexuálisoktól várnak el. Egy nős férfi nők százezreinek udvarolhat, s a társadalom ebben nem talál semmi kivetnivaló, sőt az illető csak növeli vadásztrófeái számát. Egy homoszexuális esetében ellentétes a helyzet..." - fejtegette az idős művész a Liberónak adott interjújában.
Két éve önéletrajzi könyvében Zeffirelli bevallotta, hogy nagy szerelem fűzte egy másik világhírű rendezőhöz, Luchino Viscontihoz.