Szikora Jánost 2005-ben a Szabolcs-Szatmár-Bereg megyei APEH igazgatóság éléről nevezte ki az adóhatóság elnökének Veres János pénzügyminiszter.

A Magyar Nemzet június 17-i számában azt írta, hogy két évvel ezelőtt jogsértő módon akadályozta meg az adóhivatal elnöke a Malév köztartozásának behajtását. Az APEH ezt még aznap határozottan cáfolta, míg a miniszter ezt követően vizsgálatot rendelt el az ügyben.

A vizsgálat megállapította: azzal, hogy az APEH elnöke leállítatta a Malév köztartozásának behajtását, sérültek azok az alapelvek, amelyek szerint az adóhatóság a törvényeknek megfelelően gyakorolhatja jogait és teljesíti kötelezettségeit, valamint hogy az adóhatóság minden ügyben megkülönböztetés nélkül köteles eljárni. A vizsgálat megállapította azt is, hogy az elnök intézkedése nyomán egy jogellenes állapot következett be, hiszen kvázi szüneteltették a végrehajtást.

A lap korábban azt írta, hogy a légitársaság 1,17 milliárd forint járulékkal tartozott az államnak, amit 2008. október 13-ig kellett volna kifizetnie. Mivel a több mint egymilliárd forint nem érkezett meg az adóhivatalhoz addig az időpontig, így a szervezet három nappal később, október 16-án megindította a végrehajtást. Ennek keretében a Malév valamennyi, összesen hét banknál vezetett számlájára inkasszót bocsátottak ki.

A lap pontosan meg nem nevezett forrásból származó értesülése szerint a tetemes összeg azért nem kerülhetett végül az államkasszába, mert Szikora János, az APEH elnöke megakasztotta a folyamatot. Szikora a lap szerint október 18-án elnöki levélben arra adott utasítást, hogy további intézkedésig vonják vissza a Malévval szemben kiadott inkasszókat.