Bauer Tamás kilépésének okait írásban is összefoglalta. Mint írja, "fontos politikai kérdések egész sorában vált számomra elfogadhatatlanná a jelenlegi pártvezetés álláspontja és gyakorlata". "A párt vezetőit, korábbi és jelenlegi kormánytagjait súlyos felelősség terheli azért a gazdaságpolitikáért, amely az előző ciklusban a pénzügyi csőd közelébe juttatta az országot. A párt vezetői mindmáig nem látják be, hogy hibáztak. (...) Az SZDSZ részese annak, hogy a magyar politikai osztály elszabotálja a közélet megtisztítását a rendszeres anyagi visszaélésektől".

Nem Bauer Tamás az első az alapító tagok közül, aki kilép az SZDSZ-ből. 2000-ben például Tamás Gáspár Miklós, 2002 nyarán Kis János filozófus, - aki 1991 novemberéig a párt első elnöke volt - és Hack Péter jogász, -1990-től 2002-ig szabad demokrata országgyűlési képviselő- lépett ki a pártból, Eörsi István író, 2004-ben távozott, Mécs Imre pedig 2006-ban már szocialista színekben indult az országgyűlési választásokon.

Bauer Tamás, az SZDSZ alapító tagja volt, a párt megalakulásától annak egyik gazdasági szakértője. 1988-tól az országos tanács tagja, 1995-től a párt ügyvivője. 1993-1994-ben Bauer irányításával készült el az SZDSZ választási programja. Az 1990. évi országgyűlési választásokon sem egyéniben, sem listán nem jutott mandátumhoz. Az 1994. évi országgyűlési választásokon az SZDSZ országos listájának tizenhetedik helyéről került a törvényhozásba. Az Országgyűlés gazdasági állandó bizottságának munkájában vett részt. Az SZDSZ frakcióvezető-helyettese volt.