Apja a főrendiház tagjaként politizált. 1882 őszétől a fiumei tengerészeti akadémia növendéke lett, a ranglétrán egyre magasabbra jutva szolgált hadihajókon, majd 1909 és 1914 között nagy példaképe, Ferenc József császár szárnysegédje volt. Az I. világháborúban a flotta legmodernebb hajóját, a Novarát irányította, 1918-ban ellentengernaggyá, a királyi flotta parancsnokává nevezték ki.
A monarchia összeomlását követő zűrzavarban a Tanácsköztársaság elleni fellépést szervezte, önálló katonai igazgatást vezetett be a Dunántúlon, a megtorló különítmények tevékenységét nem támogatta, nem is tett ellenük semmit.
1919. november 16-án, a megszálló román csapatok távozását követően vonult be fehér lovon Budapestre. A mögötte álló haderő támogatásának és nyomásgyakorló képességének köszönhetően 1920. március 1-jén a nemzetgyűlés kormányzóvá választotta, a hivatalos államforma azonban továbbra is a királyság maradt. 1921. november 6-án - Magyarország történetében harmadszor - kimondták a Habsburgok trónfosztását; ezzel végleg megszilárdult pozíciója.
A konszolidáció sikerei után a harmincas években bekövetkezett az, amit Horthy el akart kerülni: felerősödtek a szélsőségesek, a politikai rendszer a parlamentarizmus keretei ellenére egyre jobbra tolódott. A kormányok a német és az olasz tengellyel való kapcsolatban bíztak, ettől remélték a trianoni határok revízióját. Horthy többször járt Németországban, de Hitlert nem szívlelte, s ez kölcsönös volt.
A II. világháború alatt a kezdeti országgyarapító sikerek után próbálta visszaszorítani a német befolyást; a szovjet fronton elvesztette István fiát, a kormányzóhelyettest. 1944 március közepén Klessheimbe hívták tárgyalni, így nem tudta megakadályozni az ország német megszállását. Az év során még sikerült lemondatnia a kormány éléről a németbarát Sztójay Dömét, majd nyáron - késve és külső nyomás hatására is - leállította a zsidók vidéken már megkezdődött deportálását.
Támogatta az 1944 októberi kiugrási kísérletet, de miután a Gestapo elrabolta Miklós fiát, október 16-án aláírta lemondását és átadta a hatalmat Szálasi Ferencnek.
Másnap családjával együtt a bajorországi Weilheimbe vitték, s az SS őrizetére bízták. A háború végén az amerikaiak fogolyként kezelték. Legnagyobb megdöbbenésére felmerült, hogy háborús bűnösként állítsák bíróság elé, de az agg kormányzót végül csak tanúként hallgatták meg. Horthy Truman amerikai elnöktől és Ernest Bevin brit külügyminisztertől azt kérte, hogy helyezzék vissza pozíciójába és engedjék tárgyalóasztalhoz ülni a békekötéskor, de a hetvenhét éves politikus ekkor már egy letűnt korszak jelképe volt.
Horthy családjával Portugáliában telepedett le. Az 1956-os forradalom új reménnyel töltötte el, annak vérbe fojtása nagyon megviselte. Pár hónappal később, 1957. február 9-én halt meg Estorilban, végakarata szerint hamvait csak a szovjet csapatok Magyarországról való kivonulása után hozták haza, 1993-ban Kenderesen temették újra.