A történészek feltételezése szerint Krakrát 809 táján alapították, amikor a térség Krum kán uralma alá került. Az erődítményt egy aprócska trák település helyén emelték, ez volt a középkori Bulgária egyik legnagyobb vára - 5 hektáros területet foglalt el - olvasható a Novinite című angol nyelvű bolgár hírportálon (http://novinite.com).

A X-XI. században az erődítmény igen fontos hadállás volt a bolgárok és a bizánciak között vívott háborúban. Egy helyi nemesember, a perniki Krakra igazgatta, akinek irányítása alá összesen 35 erődítmény tartozott. A vár végül 1018-ban esett el, amikor Bulgária bizánci uralom alá került.

A régészek feltételezése szerint az erődítményt a harmadik keresztes hadjárat (1189-1192) idejéig használták védelmi célokra az elvonuló keresztes lovagok ellen, majd a vár elnéptelenedett.