Az erdélyi Kisbaconban látta meg a napvilágot, így gyermekként megismerkedhetett a székely népmesék és mondák gazdag világával. Gondos nevelésben részesült: nyolcévesen már a nagyhírű székelyudvarhelyi református kollégium diákja volt, ahol felső tagozatos korában az önképzőkör lelkes tagjaként nyelveket tanult és meséket írt. Érettségi után Budapestre költözött és a bölcsészettudományi karon megszerzett diplomájával a zsebében újságírónak állt. Több napilap és folyóirat munkatársa, a Néptanítók Lapjának főszerkesztője volt.

1889-ben Pósa Lajossal indították útjára az első valóban irodalmi értékű, hazafias szellemű gyermeklapot, Az én újságomat, utána Sebők Zsigmonddal közösen szerkesztették a Jó pajtást. 1887 és 1892 között országgyűlési képviselő volt, parlamenti beszédeiben az ifjúsági irodalom, a népköltészet, a népnyelv és a közoktatás kérdéseivel foglalkozott. 1885-ben adta ki a Székely Tündérország, majd a Székely mesemondó című köteteket. 1896-ban a millenniumi ünnepségekre jelent meg igazi szívügye, az ötkötetes Magyar mese- és mondavilág, amely négyszáz történetet tartalmaz és korának legnagyobb példányszámot elért sikerkönyve volt.

Kis Könyvtár címmel ifjúsági könyvsorozatot indított, ebből lett később Benedek Elek kis könyvtára. Gyerekeknek szánt verseket, leányregényeket, meseátdolgozásokat adott közre nagy hozzáértéssel, esztétikai igényességgel (Ezeregyéjszaka, Grimm legszebb meséi). A humanista-hazafias nevelést szolgálták maradandó értékű regényei, a magyar nemzeti múltat népszerűsítő írásai: A magyar nép múltja és jelene, Nagy magyarok élete, Honszerző Árpád. 1900-ban a Kisfaludy Társaság tagjává választották.

1921-ben, amikor Trianon után aki tehette, menekült Erdélyből, Benedek Elek végleg hazatért Kisbaconba. Itt sem maradt tétlen: szerkesztője lett a Cimbora című ifjúsági lapnak, amely először 1922. szeptember 22-én jelent meg. Ő volt a gyerekek Elek nagyapója, aki kiterjedt levelezést folytatott "unokáival". A lap 1929-ben anyagi nehézségek miatt szűnt meg.

Benedek Elek példás családi életet élt, feleségével 45 évig éltek együtt boldog házasságban, hat gyermeket nevelve. 1929. augusztus 17-én Kisbaconban érte a halál szélütés következtében, levélírás közben. Felesége követte a halálba, egyszerre temették el őket, sírjuk egymás mellett fekszik a település temetőjében. A fejfán látható Benedek Elek saját maga által írt sírverse: "Jézus tanítványa voltam - Gyermekekhez lehajoltam - A szívemhez felemeltem - Szeretetre így neveltem."

Születésének 150., halálának 80. évfordulóján a háromszéki önkormányzat Benedek Elek emlékévet hirdetett. Egész

évben rendeznek programokat Magyarországon és Romániában, egyebek közt mesemondó versenyekkel, vetélkedőkkel, kiállításokkal, konferenciákkal. Szülőfalujában szobrát is felavatják és tervbe vették egy mesefalu létrehozását. 2005 óta szeptember 30-án, Benedek Elek születésnapján ünneplik a népmese napját Magyarországon.