Elsősorban az Egyesült Államokban szorgalmazott - a terrorizmus elleni hatékony eszköznek tekintett - testszkennerek használatát sokan személyiségi jogokra hivatkozva próbálják visszautasítani, mert az eszközzel a ruházat mögé lehet látni. Kutatók egy csoportja viszont azért aggódik, mert a biztonságosnak tekintett alacsony sugárzású berendezések az arcot és a nyaktájékot sokkal erősebb sugárterhelésnek teszik ki, mint azt korábban gondolták.

A szkennerek használatával talán nem alakul ki tüdőrák, azonban sokkal nagyobb az esélye a basaliomának, azaz a basalsejtes bőrrák kialakulásának, gyerekeknél viszont még sokkal súlyosabb következmények is lehetnek.

David Brenner, a Columbia Egyetem kutatója elmondta: a szkenner hatékony működéséhez a sugárzást a bőr felületére kell koncentrálni, ezért a hivatalos becslésekhez viszonyítva ezen a területen akár a hússzoros szintet is elérheti a sugárzás mértéke - olvasható a Yahoo! hírportálon.
Brenner volt az, aki 2002-ben segített megírni a testszkennerek biztonságos használatához szükséges irányelveket, amelyeket annak tudatában alkotott meg, hogy ezeket a gépeket világszerte és a mindennapi gyakorlatban nem fogják használni.

Az egészségügyi kockázatok mellett az izraeli hatóságok például azért nem alkalmazzák a testszkennereket, mert állításuk szerint könnyű becsapni ezeket.

Más orvosok szerint pedig ezek a gépek olyan sugárzással működnek, amelyek egyszerűen "szétszakítják a DNS-láncokat".