Ezzel létrejön a központi hivatalból, a regionális főigazgatóságokból és a megyei igazgatóságokból álló háromszintű adóhatóság. Az APEH közlése szerint a szervezeti változtatás nem jár semmilyen hátránnyal az ügyfelekre nézve, és "az APEH személyi állományában meglévő értékek sem sérülnek". Az adó-, jövedelem- és illetőségigazolásokat a korábbi gyakorlathoz hasonlóan az adózó kérelmére bármelyik megyei igazgatóság kiadhatja, de az illetékügyekben kizárólag az eljáró hatósághoz lehet fordulni.

Az APEH központi hivatala a továbbiakban elvi, szakmai irányító munkát végez, míg a regionális főigazgatóságok ellátják a megyei igazgatóságok szakmai-törvényességi felügyeletét, összehangolják és szabályozzák azok munkáját. A regionális főigazgatóságok látják el a másodfokú jogorvoslati feladatokat is.