A második vasúti csomag intézkedéseit 2006. április 1-ig kellett átültetni a nemzeti törvénykezésbe. Az érintett tagországoknak a Bizottság 2006 októberében figyelmeztetést küldött, de a tagállamok nem válaszoltak, így a Bizottság úgy döntött, hogy az Európai Bíróság elé viszi az ügyet. Az érintett tagországok: Görögország, Hollandia, Luxemburg, Németország, Portugália, Spanyolország Svédország, Szlovákia és Szlovénia.
 
A szóban forgó 2004/49/EC direktíva előírásai szerint minden olyan vasúti társaságnak, amely az európai vasúti hálózaton vonatot kíván üzemeltetni, a direktíva által meghatározott biztonsági követelményeknek kell megfelelnie. A direktíva célja szakaszosan a legmagasabb biztonsági szintre fejleszteni a nemzeti biztonsági rendszereket. Az elérendő célt még nem határozták meg teljes részletességgel, ez az Európai Vasúti Ügynökség feladata lesz. A direktíva ugyanakkor előírja, hogy a tagállamok egy független biztonsági hatóságot és egy baleseteket kivizsgáló testületet állítsanak fel.

A 2004/50/EC direktíva az érvényben lévő technikai együttműködésről szóló előírásokat frissíti. Erre azért van szükség, hogy határokon átnyúló szolgáltatásokat tudjanak biztosítani a különböző társaságok és csökkentsék a gyorsvasutak üzemeltetési költségeit. Az együttműködés lehetőségét Európa egész területére kiterjesztik.

Hamarosan vizsgálat tárgya lesz az is, hogy a második vasúti csomagot a nemzeti törvénykezésbe átültető országok jogszabályai megfelelnek-e az európai szabályoknak és hogy teljesen megtörtént-e a kodifikáció.