Az intézet szeptemberi jelentése szerint a vízben ugyan még változatlanul a nyáron elszaporodott, fonalas, a légköri nitrogén megkötésére képes kékalgák (cianobaktériumok) dominálnak, mennyiségük azonban fokozatosan és határozottan csökken.
Az algák szaporodásához szükséges foszfor és különböző nitrogénformák bőséges mennyiségben vannak jelen a vízben. A nitrogén tartalmú tápanyagok közül az ammónium és a pusztuló algákból származó urea koncentrációja fokozatosan emelkedik. Hasonló a nitrát koncentrációja is, amelynek mennyiségét a befolyó vizekkel szállított nitrogén utánpótlás is növeli.
A kékalgák pusztulása így a vízhőmérséklet csökkenésének eredménye, ezt a folyamatot gyorsítják fel a sejteken élősködő parazita mikrogombák (Chytridiales), amelyek most, szeptember végén jelentek meg a tóban.
A közlemény szerint a szeptember eleji hideg időjárás az árvaszúnyogokra, a Balaton életében az egyik legfontosabb állatcsoportra is hatással volt. A hűvös, csapadékos időben szünetelt "az árvaszúnyogok kibújása", amely egyébként a nyári időszakban folyamatosan zajlott. A jó idő beköszöntével a kibújás újra elkezdődött, és a nyarat idéző intenzitással történik. Ennek köszönhető, hogy sok helyen a parti kövezéseken, illetve a part mentén fehér hab jelenik meg.
"Ez a hab nem a víz szennyezettsége miatt képződik, hanem az árvaszúnyogok kibújása során, az általuk termelt, fehérjékben gazdag anyag okozza, amelyet a víz hullámzása habosít fel. Az árvaszúnyog-együttes fajösszetétele egyébként még csaknem megegyezik a nyárival, és továbbra is a Balaton vizének jó minőségére utal" - hangsúlyozza a közlemény.