1906 októberében a bujdosók hamvait szállító különvonat előbb Budapestre érkezett, ahol a Keleti pályaudvaron nemzeti pompával fogadták a hazatérőket: II. Rákóczi Ferenc, édesanyja Zrínyi Ilona, a fejedelem fia, Rákóczi József, továbbá Bercsényi Miklós, Esterházy Antal és Sibrik Miklós koporsóját az országból összesereglett sok tízezres tömeg, a kormány, a főrendek és az egyházi főméltóságok kíséretében a Bazilikába, Thököly Imréét a Deák-téri evangélikus templomba vitték, ahol gyászmisén búcsúztak el tőlük. Este már Kassára, illetve Thökölyvel Késmárkra indult tovább a vonat.
Kassán, a kuruc városban hasonló gyászpompával fogadták a bujdosókat, akiknek hamvait a budapestinél is nagyom pompával a dóm altemplomában helyezték végső nyugalomra, Thököly koporsóját pedig Késmárkra vitték, ahol a síremléke ma is látogatható.
Később voltak idők, amikor székesegyházban, ahol a fejedelem oly sokat imádkozott, nem engedték a kőkoporsókhoz a zarándokokat, de a rövidesen újra megnyíló sírkamra a jövőben már látogatható lesz. A felújítás után már nem a 19. század végi ízlésnek megfelelően átalakított sírkamra, hanem annak korábbi, középkori hangulatot árasztó falai fogadják a látogatót.
