Talán ott kezdődött, hogy Timor Indonéz viszonylatban Mucsának számít, sose volt annyira érdekes, hogy a hollandok kiebrudalják onnan a szigetet felfedező portugálokat, nem jutott el Timorra sem az iszlám, sem a hinduizmus, úgy általában kimaradt mindenből, ami viszonylagos egységet kovácsolt Indonéziából. A XVI. század elején a portugálok vetetettek horgonyt a környéken, és animista vallású, törzsi királyságokat találtak, úgy, hogy nagyjából minden 3 családból álló falu más nyelven beszélt. Kelet Timor egységét a portugál uralom és a katolicizmus adta meg végül, és egyből el is különítette az indonéz szigetek többi részétől.
A XX. század második felére kialakult az a vezető réteg ami, az addigi lingua francát, a portugált kultúr- és adminisztrációs nyelvként is alkalmazta. Erre az időre tehetjük a helyi, portugál nyelvű és katolikus luzo-timori nemzet születését, megszülettek az első pártok.

Elsőként a Timori Demokratikus Unió (Uniao Democraticá de Timor) alakult meg, támogatói között tudva a kávéültetvényesek és a törzsi arisztokrácia elportugálosodott vezetőit. Az UDT volt a konzervatív, portugálbarát párt, ami az autonómia mellett tette le a voksát. A szociáldemokratákból jött létre a Független Kelet-Timor Forradalmi Frontja (Frente Revolucionária do Timor-Leste Independente - FRETILIN), ami a teljes függetlenség híveit tömörítette.



A harmadik erőt az indonéz-barát Népi Demokratikus Timorért Egyesület (Associação Populár Democratico De Timor - APODETI) képviselte. 1975-ben az UDT és a baloldali politikával (analfabetizmus felszámolása, szembehelyekedés a kínai kávékereskedőkkel) nagy népszerűséget szerző FRETILIN szövetésge kilencven százalékos támogatást szerzett. Így a radikális függetlenségpárti munkásmozgalmiak, és az indonézekkel szembe helyezkedő portugálbarát helyi arisztokrácia képviselőinek fura szövetsége került hatalomra. A mindössze öt százalékos, a határvidéki területekre és a városokba beköltöző muzulmánok támogatta APODETI vezetője, a portugálok által majd 30 évre bebörtönzött Arnaldo dos Reis Araujó arról igyekezett meggyőzni Dzsakartát, hogy szállja meg Kelet-Timort. Indonéziát sokáig nem érdekelte Portugál-Timor függetlenedés utáni jövője. A Szuharto-rezsim viszont tartott attól, hogy a szomszédjában egy kommunista államalakulat jöhet létre, így az 1974-es portugáliai „szegfűs forradalom” után azt hangoztatta: Kelet-Timor vagy portugál marad, vagy csatlakozik az Indonéz Államszövetséghez. Az, hogy a portugál rendszerváltásnak már a kezdetektől kimondott célja volt a gyarmatok felszabadítás előrevetítette a megszállást.

Az UDT és a FRETILIN harca a „törzsi királyságok” közötti fegyveres harcokba torkolltak. A vesztésre álló UDT Indonéz segítséggel kísérelt meg puccsot végrehajtani, de a nem bírt a függetlenségpárti kommunistákkal. Indonézia ekkor támogatást nyújtott a FRETILIN által legyőzött UDT és APODETI egységeknek, UDT egyenruhába bújtatott indonéz irreguláris egységekkel indított támadást a határmenti települések ellen, amelynek során különös kegyetlenséggel végeztek öt külföldi újságíróval. Megszületett az indonézek életre hívta Antikommunista Mozgalom (Movimento Anit-Communista - MAC). Ezzel egyetlen aprócska gond volt, a FRETILIN tulajdonképpen sosem vált kommunistává. Igaz, a párt elődje az Timori Szociáldemokrata Szövetség (Associação Sociál Democrática de Timorense – ASDT) volt, és a radikalizálódásban komoly szerepe volt az anyaország egyetemein tanuló, onnan kommunista-anarchista eszmékkel megspékelve hazaérkező értelmiségnek, de a párt nem a munkásmozgalom, hanem a függetlenség fonalára lett felfűzve. A tömegbázist adó szegényparasztok – akik a jezsuita missziók által létrehozott faluközösségekben éltek – elvitték egy másik, afféle katolikus-anarchista irányba a párt ideológiáját.

A hatalmát megszilárdító és a helyzetet normalizáló FRETILIN november 28-án, egyoldalúan kikiáltotta az ország függetlenségét, amit a „népi” Kína mellett csak néhány, Portugáliától frissen függetlenedett afrikai kommunista ország ismert el. A nyugat, viszont tartott egy ázsiai Kubától, ezért elfordította a fejét, amikor a térség erős, nyugatbarát katonai diktatúrája megszállta az új országot, sőt fegyverekkel segítette a kibontakozó genocídiumot. Az ENSZ – Portugál kezdeményezésre – nem fogadta el Kelet-Timor bekebelezését.

Az indonéz hadsereg a kezdetektől fogva kegyetlenül lépett fel a helyi lakosság ellen, ugyan az dzsakartai vatikáni nunciatúra támogatta az annexiót – remélve az Indonézián belüli megerősödését – később volt miért mosakodnia a pápa előtt. A jávai ejtőernyősök szabályos embervadászatot rendeztek Dili utcáin: a megszállók felgyújtották a templomokat és több ízben – még a ’90-es években is – belelőttek a vallási ünnepeken részt vevő hívekbe. Hírhedt volt az 1991-es Santa Cruz-i tömegmészárlás. Az indonéz egységek egy, a katonák által megölt, fiatal katolikus fiú temetési menetére nyitottak tüzet, az eredmény 271 halott volt. Azokat az ellenzékieket akik nem menekültek el idejében az országból – mint a most meglőtt José Ramos-Horta – családostul vetették börtönbe, és a kínzások mellett a családjuk kivégzésével, a feleségük, lányaik megerőszakolásával terrorizálták őket. Megszületett a „stratégiai falu” intézménye, a kifejezés tulajdonképpen koncentrációs táborokat takart. A 200 ezer betelepített muzulmán és a központilag támogatott mecsetépítés – miközben a katolikus templomokat lerombolták és újak építését nem engedélyezték – mellett Kelet-Timor iszlamizációjában szerepet kapott az a gyakorlat, hogy a katonák erőszakkal kényszerítettek 95 ezer katolikus nőt fogamzásgátlók szedésére. Igaz, az Indonéz alkotmány névleg engedélyezi a szabad vallásgyakorlást, feltéve, hogy a követett vallás valamelyik egyistenhit. Ennek az elvnek a kelet-timori alkalmazása vezetett ahhoz, hogy a korábban természetvallású helyiek a katolicizmushoz szegődjenek.



Vidéken a harcok tovább folytatódtak, immár az UDT is a megszállók ellen harcolt, akárcsak a portugál hadsereg maradékából létrejött egységek. 1979-ben a függetlenségiek vezére, Xanana Gusmão meghirdette az összes nacionalista kelet-timori erő összefogását, 1981-ben minden addigit felülmúló megtorlás vette kezdetét, ami több mint 200 ezer, áldozatot követelt, Kelet-Timor konfliktus előtti lakosságának harmadát. Hozzá kell tenni, hogy kiirtották az állatállomány csaknem teljes egészét, és a gyűjtőtáborokba zsúfoltaknak megtiltották az élelemszerzést.

II. János Pál pápa 1989-es dilii látogatása tette nyilvánvalóvá, hogy az ellenállás új síkra terelődött. Az erőszakos asszimiláción átesett, bhasza-indonéz nyelvű egyetemisták megszállás ellenes demonstrációba kezdtek. 1992-ben elfogták és börtönbe vetették Gusmão-t. Az erőszakmentes ellenállási mozgalom vezetője az a Carlos Felipe Ximenes Belo püspök lett, aki José Ramos-Hortával együtt nyerte el 1996-ban a Nobel-békedíjat „Az igazságos és békés Kelet-Timor érdekében végzett munkájukért.” Egy évvel a Ramos-Horta és Belo püspök kitüntetése után összeomlott az Indonéz gazdaság. 1998. május 20-án Szuharto lemondásra kényszerült. 1999-ben Indonézia – nemzetközi nyomásra – bejelentette, hogy készek Kelet-Timort kiüríteni. Augusztus 30-án a kelet-timoriak 98,6 százaléka ment el szavazni, és 78,5 százalék elutasította a függetlenség alternatívájaként felkínált autonómiát. Az indonézpárti milíciák válaszul lerombolták Dilit, és kezdetét vette az ország harmadik genocídiuma.



A nemzetközi felháborodás hatására Indonézia végül engedte, hogy az ENSZ erőinek (INTERFET) biztosítása mellett az ENSZ közigazgatása (UNTAET) vegye át a terület ellenőrzését. A szabadon bocsátott Gusmão tárgyalásokat kezdett Indonézia első szabadon választott elnökével, Abdurrahman Wahiddal, Ramos-Horta visszatért az országba. 2001. augusztus 17-én az új indonéz elnökasszony Megawati Szukarnoputri elismerte Timor keleti felének függetlenségi törekvéseit. 2001-ben a FRETILIN nyerte a választásokat. Kelet-Timor egy évvel később, 2002. május 20-án kikáltotta a függetlenségét. Ramos-Horta lett az ország első külügyminisztere.

A polgárháborúban teljesen tönkretett gazdaságú ország fizetésképtelenné vált, a bérek visszatartása miatt a hadsereg 2006-ban zavargásokba kezdett. Mari Alkatiri lemondását követően Xanana Gusmão elnök Ramos-Hortát jelölte ki ideiglenes miniszterelnöknek. Két héttel később iktatták be Kelet-Timor második miniszterelnökévé. Alfred Reinadó ismert alakja volt a két évvel ezelőtti zavargásoknak. Ma hajnalban, miközben puccsot kísérletek meg Gusmão és Ramos-Horta hatalma ellen hasba lőtte a miniszterelnököt, akinek a testőrei ezután végeztek vele. A legfrissebb hírek szerint a Nobel-békedíjas elnököt Ausztráliában ápolják, és gépekkel tartják életben.