Menzel sokszor elmondta, hogy nem ambíciója a forgatókönyvírás, ezért filmjei főként irodalmi alapanyagból, elsősorban Bohumil Hrabal műveiből születtek. A világhírű cseh író elbeszéléseiből 1966-ban forgatta a Szigorúan ellenőrzött vonatok című filmjét, amellyel a következő évben elnyerte a legjobb külföldi filmnek járó Oscar-díjat. 1967-ben Vladislav Vancura Szeszélyes nyarát vitte filmvászonra, s e két fiatalkori remekművével - amelyekben színészként is feltűnt - beírta magát a filmtörténetbe.
Az új hullám alkotói 1968, a prágai tavasz eltiprása után szétszóródtak, ki emigrált, ki elhallgatott, kit eltiltottak munkájától. Menzel 1969-ben még befejezte a Pacsirták cérnaszálon című filmjét az ötvenes évekről, de ezt a "normalizálódó" totalitárius rendszer azonnal dobozba záratta, s ott is maradt húsz évig. A hosszú időre mellőzött Menzel - miközben azért tovább dolgozott filmtervein, és kilincselt a stúdiókban - színházi rendezőként és színészként örvendeztette meg közönségét. A prágai Cinoherní Klub kisszínházban Machiavelli Mandragóráját tíz, O,Casey Nőtlen urak panziója című komédiáját 16 évig játszották felfogásában. Ezekből az évekből datálódik kölcsönös rokonszenven alapuló kapcsolata magyar filmes és színházi emberekkel, szerepet is vállalt Gyarmathy Lívia, Böszörményi Géza, Maár Gyula, Simó Sándor, Szabó István munkáiban.
1974-ben tért vissza a filmkészítéshez, újabb filmes sikersorozatának nyitánya 1976-ban a Magány az erdőszélen lett. 1978-ban a cseh mozi születésének és hőskorának legendáját felidéző Mesés férfiak kurblival következett, majd a Sörgyári capriccio (1980), a Hóvirágünnep(1983) és Az én kis falum (1985) Bán Jánossal a főszerepben. Menzel a cenzúra ellenében megtalálta azt a hangot, amely a közönséget remekül szórakoztatta, miközben szelíd erkölcsi tanulságokat közvetített, védve a kis emberi közösségek melegségét, összetartását, megcsipkedve a rendszer egy-egy jellegzetes figuráját, jelenségét.
1989-ben készült a Vége a régi időknek, 1991-ben Václav Havel színdarabját, a Koldusoperát vitte filmre, 1993-ban Vlagyimir Voronyin emigráns orosz író regényét, az Ivan Csonkin közkatona életét és különleges kalandjait. Ezután több mint tíz évre ismét a színházi munkába vetette bele magát. Arra a kérdésre, hogy miért nem filmezik, csak annyit válaszolt: Nincs kedvem koldulni. 2006-ban mégis vászonra vihette immár hatodik Hrabal-adaptációját, és az Őfelsége pincére voltam megint sikerfilm lett, benevezték az idei Oscar-díjért folyó versenybe is.
Menzel, aki mindig nagy rajongója volt a női nemnek, 62 éves korában találta meg élete társát, a harmincvalahány évvel fiatalabb Olinkát, akivel azóta - életében először - házasságot is kötött.
